La Orden de Santiago, a la que pertenecía Almendralejo, concedía a algunos de sus caballeros (los comendadores) un conjunto de bienes en usufructo, de por vida, (las encomiendas) para atender a su mantenimiento y poder servir a las tareas militares que se les mandaran. En 1329, es decir sólo dos años después del documento hasta ahora originario de Almendralejo, encontramos ya citado un comendador de este lugar, que asiste al Capítulo de Baeza, presidido por el maestre Vasco Rodríguez: se trata de Martín Fernández, al que podríamos calificar como el primero de los comendadores almendralejenses.

Con el paso del tiempo y la pérdida de las funciones originarias que promovieron el nacimiento de las órdenes militares, la concesión de una encomienda pasó a constituir una prebenda de que disponía la realeza que, a través del Consejo de Órdenes, la concedía en pago a determinados servicios o para favorecer a sus deudos.

Felipe II, por una Cédula de 15 de octubre de 1573, había desmembrado la Encomienda de Almendralejo de la Orden de Santiago y la había incorporado a la Corona, para, a los pocos meses, venderla por vía de empeño a la ciudad de Sevilla. Para compensar a la Orden, a sus Comendadores, se les concedió un juro situado sobre las yerbas de la Orden de Calatrava, que se acrecentaría años más tarde, en 1599, hasta 478.766 maravedíes.

A partir de ese momento los titulados Comendadores de Almendralejo no disfrutarán de renta alguna en esta villa. Sus bienes serían el citado juro; otro juro concedido en 1590 al comendador Pedro Zúñiga por un importe de 15.840 mrs de renta, situado sobre las alcabalas de la carne de la ciudad de Salamanca; y un censo de 12.500 mrs de renta, desde 1610, tomado contra Diego López de Salcedo, Caballero de Santiago del Consejo de las Órdenes, y su mujer Juana Calderón.

Desde 1702 la Encomienda de Almendralejo se encontraba vacante, por fallecimiento de su titular, Francisco Doroteo Daza y Bermúdez de Trejo, que la había disfrutado desde 1690. La Gazeta de Madrid publicaba el 8 de enero de 1709 que "A Don Baltasar de Amézaga, Marqués de Riscal de Alegre, Mariscal de Campo, en atención a sus largos y continuados servicios, ha conferido su Magestad el Govierno de Badajoz y la Encomienda del Almendralejo".

Se trataba de Baltasar Hurtado de Amézaga y de Unzaga, Caballero de Santiago, militar avezado en los Tercios de Flandes, a quien Felipe V concedió el título de Marqués de Riscal de Alegre; la Gobernación de Badajoz y la Encomienda de Almendralejo, cuyo título está fechado el 26 de abril de 1709.

Concedió poder a José de Lauro y Mayo para que en su nombre recibiera la colación y la posesión, así como para que realizara todas las gestiones necesarias para su advenimiento a la Encomienda de Almendralejo. De esta manera, el 2 de mayo de aquel año, en la Capilla del Santísimo Cristo de la Salud del Convento Real de San Gil, de los franciscanos, en Madrid, ante el religioso de la Orden, José Fuentes y Castañeda, capellán de honor de Su Majestad, tuvo lugar la ceremonia: después de leído el Título Real, Lauro lo tomó en sus manos, lo besó, lo puso sobre su cabeza y lo obedeció declarando que lo cumpliría; con lo que el religioso expresó que le hacía colación y canónica institución de la Encomienda de Almendralejo por imposición de su bonete, que le puso en la cabeza, diciendo en el nombre del Padre, del Hijo y del Espíritu Santo, amén.